Il presente progetto si propone di esplorare la diversità "nascosta" di meio e macrofauna e la presenza di specie criptiche lungo gradienti batimetri nel Mare di Ross, attraverso un approccio combinato di tassonomia morfologica e molecolare. L'approccio molecolare è basato su un'analisi multilivello (genetica, metagenetica, metagenomica) realizzata attraverso sequenziamento classico (Sanger) e Next Generation Sequencing. Svilupperemo procedure specifiche per l'estrazione di DNA da macro e meiofauna e sequenziamento degli ampliconi dei geni 18S nSSU/COI, che saranno esaminati mediante strumenti bioinformatici. La composizione tassonomica ottenuta mediante analisi metagenetica verrà confrontata con quella relativa all'analisi morfologica eseguita sul medesimo pool di organismi. Particolare attenzione sarà dedicata all'identificazione delle specie criptiche di Polychaeta e Nematoda (analisi genetica di 18S nSSU/COI e identificazione morfologica su popolazioni diverse della stessa specie). Infine, si procederà all'analisi metagenomica (sequenziamento dell'intero genoma di un campione) in sedimenti per esplorare il potenziale adattativo di macro e meiofauna.
Un approccio molecolare per studiare la biodiversità e le specie criptiche dei metazoi bentonici nel Mare di Ross
Munari Cristina
2013
Abstract
Il presente progetto si propone di esplorare la diversità "nascosta" di meio e macrofauna e la presenza di specie criptiche lungo gradienti batimetri nel Mare di Ross, attraverso un approccio combinato di tassonomia morfologica e molecolare. L'approccio molecolare è basato su un'analisi multilivello (genetica, metagenetica, metagenomica) realizzata attraverso sequenziamento classico (Sanger) e Next Generation Sequencing. Svilupperemo procedure specifiche per l'estrazione di DNA da macro e meiofauna e sequenziamento degli ampliconi dei geni 18S nSSU/COI, che saranno esaminati mediante strumenti bioinformatici. La composizione tassonomica ottenuta mediante analisi metagenetica verrà confrontata con quella relativa all'analisi morfologica eseguita sul medesimo pool di organismi. Particolare attenzione sarà dedicata all'identificazione delle specie criptiche di Polychaeta e Nematoda (analisi genetica di 18S nSSU/COI e identificazione morfologica su popolazioni diverse della stessa specie). Infine, si procederà all'analisi metagenomica (sequenziamento dell'intero genoma di un campione) in sedimenti per esplorare il potenziale adattativo di macro e meiofauna.I documenti in SFERA sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
